Zamojski ogród zoologiczny to jeden z najstarszych tego typu obiektów w Polsce. Zgłębiając historię ZOO w Zamościu należy wspomnieć o jego założycielu – Stefanie Milerze.
Mówiąc o zamojskim ogrodzie zoologicznym nie sposób pominąć jego założyciela, wybitnej postaci, patrioty który miał cały ogrom zasług dla Polski.
Stefan Miler Urodził się w Kaliszu 22 stycznia 1888 roku w rodzinie patriotycznej co pozwoliło mu już od młodych lat kształtować w sobie słuszne postawy. Henryk Miler, jego ojciec, w czasie powstania styczniowego był adiutantem generała broni Józefa Hauke-Bosaka, dowódcy sił zbrojnych województwa krakowskiego i sandomierskiego.
Już jako 17 latek uczestniczył w strajku szkolnym i w 1905 roku podczas obchodów pierwszomajowych podjął próbę rozbrajania rosyjskich żandarmów w Zawodziu obok Kalisza za co został objęty nadzorem policyjnym. Zbiegł do Krakowa, ale po amnestii wrócił i w 1908 roku zdał maturę w Szkole Handlowej w Kaliszu. Po maturze 5 lat studiował nauki przyrodnicze w Szwajcarskim Fryburgu do 1913 roku.
Był działaczem Polskiej Organizacji Wojskowej, a po wybuchu wojny wstąpił do 1 Pułku Legionów Polskich gdzie pracował w biurze werbunkowym. Walczył również na Polesiu i został ranny w Bitwie pod Trojanówką. Przez generała Sikorskiego został wysłany na bezterminowy urlop i skierowany do pracy w gimnazjum. Ciekawostką jest że gimnazjum to było w miejscu dawnej Akademii Zamojskiej.
W 1918 roku brał czynny udział w manifestacji żądającej zostawienia Chełmszczyzny w polskich granicach, i z tym wiąże się ciekawa historia. 30letni wówczas Miler spoliczkował niemieckiego żołnierza, który śmiał się przyglądając się manifestacji za co spędził 2 tygodnie w więzieniu.
W okresie międzywojennym należał do Stronnictwa Narodowego, a później pełnił funkcję prezesa Związku Legionistów oddział Zamość w stopniu kapitana, którego dorobił się podczas wojny polsko-bolszewickiej.
Podczas II wojny światowej działał w konspiracji. 29 lipca 1944 roku otwierał patriotyczny wiec na Zamojskiej Rotundzie poświęcony pomordowanym tam mieszkańcom całej Zamojszczyzny. Po wojnie należał do organizacji Wolność i Niezawisłość. W 1954 roku został rozpracowywany przez UB w Zamościu jako podejrzany o przynależność do WiNu. Zarzucano mu także rozpowszechnianie „wrogiej propagandy przeciwko Związkowi Radzieckiemu”.
Jednak historia samego ZOO sięga końcówki 1918 roku, kiedy to zaczął organizować pierwszy ogród botaniczny. Mieścił się on zupełnie w innym miejscu niż obecnie. Był on przyszkolny więc znajdował się tuż obok gimnazjum, w którym uczył, czyli de facto na Starówce obok akademii zamojskiej. Najpierw ogród miał służyć tylko celom edukacyjnym, ułatwieniu poznawania nauk przyrodniczych bo jak sam twierdził „efektywne nauczanie biologii, czy przyrody możliwe jest jedynie poprzez ciągły kontakt z nią”. Początkowo wszystko opierało się tylko na tym co przynieśli uczniowie tj. sadzonki roślin, elementy wystroju i pierwsze, podstawowe zwierzęta. Nie było funduszy więc ogród początkowo był prymitywny. Na przykład za domek dla wiewiórek służyła budka po okupacyjnym strażniku austriackim. Zainteresowanie mieszkańców zaczęło się pojawiać dopiero w 1920 roku kiedy to udało się wyhodować 50 gatunków roślin i zbudować duże terrarium. Już rok później w ogrodzie były jaszczurki, węże, żółwie czy traszki. Postawiono również staw z wodną roślinnością i fontannę. W 1923 roku wybudowano ptaszarnię z funduszy zebranych na kiermaszu w którym Stanisław Młodożeniec (twórca futuryzmu) wystawiał sztukę przedstawiającą życie zwierząt.
Przełomem dla ogrodu było przybycie prezydenta Ignacego Mościckiego 19 czerwca 1927 roku. Wsparcie finansowe ze strony władz państwa umożliwiło budowę m.in. gawry dla niedźwiedzi. Jej pierwsi mieszkańcy to 2-letni niedźwiedź z Hamburga i 1,5-letnia niedźwiedzica „Basia”. W 1931 roku w ogrodzie pojawił się pierwszy lew, małpy i ryś. Miejsca dla nich były budowane głównie z darów mieszkańców Zamościa.
W 1933 roku prof. Miler został odznaczony Krzyżem Niepodległości i był wskazywany przez ministerstwo edukacji jako wzór nauczyciela biologii.
Podczas II wojny światowej na zoo spadły dwie bomby w wyniku czego zginęło 5 lwów. Był to wyjątkowo trudny okres, zwierzęta nie miały co jeść, a w dodatku Miler musiał się ukrywać ze względu na swoją działalność. Ogród jednak przetrwał przez pomoc i ofiarność mieszkańców Zamościa.
W 1953 roku ogród przestał być szkolny i został upaństwowiony, przekształcono go w Miejski Ogród Zoologiczny, a jego pierwszym dyrektorem został oczywiście Stefan Miler. Otrzymał obsługę, budżet i możliwość poszerzania ogrodu, snuł wspaniałe plany jednak 4 czerwca 1957 roku dostał wylewu krwi przy budowie alpinarium, stan zdrowia nie pozwalał mu na dalsze prace w ogrodzie i musiał zrezygnować. W 1961 roku przeniósł się do Warszawy, gdzie zmarł rok później 13 lutego, pochowany na starych powązkach.
Na stanowisku zastąpił go Tomasz Grabowski. Były to czasy prężnego rozwoju, pozyskiwania nowych zwierząt i rozbudowy dlatego zaczęto myśleć nad przeniesieniem ogrodu w nowe, większe miejsce. Plany rozpoczęły się w latach sześćdziesiątych i zgodnie z nimi nowym miejscem ogrodu miał stać się pusty plac na ul. Szczebrzeskiej czyli tam gdzie znajduje się obecnie. Do przeprowadzki doszło dopiero w 1980 roku, jednak zoo otwarto 2 lata później 1 czerwca ze względu na prace wykończeniowe i dbałość o zapewnienie bezpieczeństwa przyszłym zwiedzającym. Zoo dostało teren 16 hektarów więc miało dużo większe możliwości rozwoju.
W roku 1994 ZOO ostało wydzielone z Przedsiębiorstwa Gospodarki Mieszkaniowej Remontów i Terenów Zielonych w samodzielny zakład budżetowy podlegający bezpośrednio pod Urząd Miasta.
W roku 2002 ogród zoologiczny został wzbogacony o ekspozycję botaniczną. Na powierzchni 1,5 ha znajduje się około 650 gatunków roślin.
Należy wspomnieć że kolejne lata to nie tylko rozwój miejsca wypoczynku dla ludzi, a też azyl dla ginących już gatunków zwierząt i wspaniałe miejsce nauki. Od 2006 roku do dzisiaj dyrektorem pozostaje Grzegorz Garbuz.
Z racji, iż jest to jedyne zoo w województwie Lubelskim konieczne było dostosowanie jego do warunków, które powinny spełniać nowoczesne ogrody zoologiczne. Środki pozyskane na modernizację pochodziły między innymi z Norweskiego Mechanizmu Finansowego czy Europejskiego Funduszu Rozwoju Regionalnego.